これまでに天然物を起源に数多くの医薬品が開発されており、天然物は創薬シーズの探索源として有望である。天然物創薬に向けて、独自性の高い天然物エキスライブラリ（オリジナル天然物バンク）の構築と天然物スクリーニングおよび成分探索を可能にする研究基盤の構築が必須である。本部門では、主に熊本県内や九州の天然資源（干潟土壌・植物など）から単離した微生物、ならびに国内および海外で採集した海洋生物資源をエキス化し、オリジナル天然物バンクを構築している。また、天然物バンクのスクリーニングにより、がん・骨粗鬆症・感染症など各疾病に対する新規創薬シーズとして期待される天然物を探索している。

近年、創薬スクリーニングの分野で再び注目されている天然物スクリーニングを効果的に行うには、効率的なスクリーニングサンプルの管理・運用が不可欠である。本部門では、２年前に開始された天然物バンク構築プロジェクトで収集した植物・微生物・海洋生物が産生する二次代謝産物を管理・運用している。熊薬オリジナル天然物バンク（８０プレート超）の最大の特色は、国内外の薬用植物エキスおよび干潟生息菌や真菌共培養のブロスを収容している点で、現在も拡充し続けている。加えて、今後は共同研究機関が提供する微生物を培養して抽出物サンプルを充実させる予定である。すべてのサンプルはUPLC-HRMSで網羅的な解析がされており、含有成分が明らかにされている。