| 平成 | 元年 | 3月 | 製薬学科廃止 |
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| | 3年 | 10月 | 寄附講座「病態薬効解析学講座」設置 |
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| | 4年 | 3月 | 薬剤学科廃止 |
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| | 5年 | 3月 | 新福利施設（蕃滋館）竣工 |
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| | 6年 | 3月 | 実験研究棟（A棟、B棟）大型改修工事竣工 |
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| | | | 熊本大学機器分析センター棟竣工 |
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| | 同 | 11月 | 実験研究棟（Ｃ棟、Ｄ棟）、講義棟大型改修工事竣工 |
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| | 7年 | 3月 | 動物舎改修増築工事竣工 |
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| | 10年 | 4月 | 大学院臨床薬学専攻（博士課程）新設 |
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| | 13年 | 4月 | 大学院分子機能薬学専攻（博士課程）新設 |
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| | 13年 | 9月 | ISO14001認証取得 |
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| | 15年 | 4月 | 大学院薬学研究科と大学院医学研究科を統合・改組し、大学院医学薬学研究部、大学院薬学教育部、大学院医学教育部を設置 |
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| | | | 薬学部付属薬用植物園は薬学教育部付属施設となる |
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| | 16年 | 3月 | 大江総合研究棟竣工 |
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| | 16年 | 4月 | 国立大学法人熊本大学大学院医学薬学研究部、大学院薬学教育部、大学院医学教育部となる |
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| | 16年 | 11月 | 宮本記念館竣工 |
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| | 18年 | 4月 | 薬科学科を改組し、6年制学科「薬学科」と4年制学科「創薬･生命薬科学科」を設置 |
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| | | | 薬学部附属創薬研究センター設置 |
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| | | | 臨床薬理学分野と医療薬剤学分野を設置 |
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| | | | 寄附講座・先端DDS学講座及び医療高分子学講座を設置 |
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| | | | 薬学教育部にDDS教育コースを開講 |
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| | 20年 | 4月 | 育薬フロンティアセンター設置 |
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| | | | 薬学教育部にバイオファーマコース、メディシナルケミストリーコース、ライフサイエンスコースを開講 |
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| | 21年 | 8月 | 模擬薬局竣工 |
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| | 22年 | 1月 | 大学院医学薬学研究部を大学院生命科学研究部に改組 |
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| | 22年 | 3月 | 創薬・生命薬科学科第一期生卒業 |
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| | 22年 | 4月 | 大学院薬学教育部創薬・生命薬科学専攻博士前期課程新設 |
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| | 22年 | 4月 | 大学院薬学教育部附属薬用植物園が、薬学部附属薬用資源エコフロンティアセンターに改組 |
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| | 22年 | 10月 | 熊薬創立125周年記念式典事業開催 |
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| | 23年 | 5月 | 熊薬125年史刊行 |
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| | 24年 | 1月 | 平成23年度熊本県支部「蘇杏会」総会開催 |
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| | 24年 | 3月 | 薬学科第一期生卒業 |
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| | 24年 | 4月 | 大学院薬学教育部創薬・生命薬科学専攻博士後期課程および医療薬学専攻新設 |
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| | 24年 | 10月 | 博士課程教育リーディング大学院プログラム「グローカルな健康生命科学パイオニア養成プログラムHIGO」採択 |
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| | 25年 | 2月 | 本学部がISO14001マネジメントシステム永年登録表彰を受賞 |
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| | 25年 | 4月 | 国立がん研究センターとの連携大学院設置 |
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| | 27年 | 4月 | 創薬・生命薬科学科に「創薬・生命薬科学グローバルエリート研究者育成プログラム」（PLEASEDプログラム）を開講 |
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| | 27年 | 7月 | 共同研究講座「えがお－機能性食品共同研究講座」設置（～令和元年6月） |
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| | 28年 | 7月 | 共同研究講座「アグロメディシン開発共同研究講座」設置（～令和元年6月） |
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| | 29年 | 4月 | 共同研究講座「再春館・自然×サイエンス共同研究講座」設置 |
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| | 29年 | 7月 | 共同研究講座「天然物創薬共同研究講座」設置（～平成30年11月） |
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| | 30年 | 1月 | 共同研究講座「大正製薬・グローバル伝統医薬資源開発講座」設置（～令和3年3月） |
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| | 31年 | 2月 | 自然共生型産業イノベーションセンター竣工 |
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| | 31年 | 3月 | 薬学部附属創薬研究センター、薬学部附属育薬フロンティアセンター、薬学部附属薬用資源エコフロンティアセンターを廃止 |
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| | 31年 | 4月 | 大学院生命科学研究部附属グローバル天然物科学研究センター設置 |
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| | | | 薬学系を4分野4講座（薬物治療設計学講座、創薬科学講座、分子機能薬学講座、環境分析科学講座）及び1センターに改組（従来の分野は研究室として存続） |
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| | | | 共同研究講座「サイエンスファーム生体機能化学研究講座」設置 |
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